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De là, le chemin est encore long avant de développer des cocktails dosés des bactéries capables d'induire un développement équilibré des réponses immunes. Que ce soit dans l'intestin, sur la peau, les voies respiratoires ou autres. Mais on peut ainsi imaginer dans le futur, des sortes de pilules adjuvantes de "microbiothérapie" de précision, voire personnalisées, afin de toujours mettre l'immunité dans les meilleures conditions environnementales intérieures possibles pour garder la santé. Et pourquoi pas… des apports recommandés en microbes.
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Actinobactéries : Ce groupe constitue la majorité des bactéries de la peau et des cheveux. On le retrouve aussi en grande quantité dans l'estomac et les narines. Présentes également dans le sol, elles dégradent les matières organiques. Elles sont la source de beaucoup d'antibiotiques notamment la famille des streptomycetaceae qui a fourni la streptomycine, premier antibiotique contre la tuberculose. Elles peuvent être pathogènes, responsables de maladies des gencives et de certaines fibroses.
Bacteroidetes : C'est dans le côlon que l'on retrouve essentiellement ces bactéries. On en dénombre environ 100 milliards par gramme d'intestin. Elles colonisent quantité d'autres biotopes, notamment les champs cultivés ou les océans. La plupart des bactéries de ce groupe ne sont pas pathogènes et sont essentielles au bon fonctionnement gastro-intestinal. Leur raréfaction est associée à l'obésité.
Firmicutes : Constituant l'essentiel de la population bactérienne vaginale, ce groupe est aussi très présent dans l'œsophage et le nez. La présence de bactéries lactobacilles dans le nez semble protéger des sinusites chroniques et des inflammations du tractus respiratoire. Le groupe compte des individus très pathogènes, notamment les espèces du genre Clostridium (responsables de gangrènes, de tétanos ou de botulisme) ou le staphylocoque doré.
Fusobactéries : Présent essentiellement dans la bouche et l'œsophage, le genre Fusobacterium comprend des bactéries anaérobies essentiellement impliquées dans de nombreuses pathologies. Le consensus scientifique tend à considérer ces bactéries comme uniquement pathogènes. Elles sont associées à plusieurs maladies dont certains ulcères, des parodontites, et pourraient jouer un rôle dans le développement de cancers colorectaux.
Protéobactéries : Groupe très riche comprenant près de 5000 espèces, ces organismes ont des métabolismes très divers (certains respirent de l'oxygène, d'autres du soufre). Très varié, compte de nombreuses bactéries commensales dont des bactéries acétiques, essentielles pour l'équilibre de la flore intestinale. Escherichia coli, les salmonelles, Legionella ainsi que les Helicobacter, entre autres pathogènes sont des protéobactéries. Elles sont souvent associées à des dysfonctions des voies reproductrices chez la femme voire au cancer de l'estomac (Helicobacter pylori).
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